Im Jahr 1188 erwähnte eine Urkunde des Kaisers Friedrich I. Barbarossa die Neumarktkirche St. Thomae zum ersten Mal. Ihr Patrozinium geht auf Thomas Becket von Canterbury zurück, der die Kirche weihte und dessen Mord sich im Jahr 1170 in einer Kathedrale ereignete. Drei Jahre später fand die Heiligsprechung von Thomas Becket statt, wodurch er als Namensgeber beziehungsweise Patron der Neumarktkirche in Frage kam. Im dreizehnten Jahrhundert kehrten in dem Gotteshaus vermehrt Benediktinerinnen ein, deren Ansiedlung nicht von Dauer war. Ein Jahrhundert später war deshalb ein Kollegiatstift eng mit der Kirche in Merseburg verknüpft. Der permanente Wechsel von Ansiedlungen war möglicherweise den ständigen Saale-Hochwassern geschuldet, die auch den Kirchenbau über Jahrhunderte immer wieder einnahmen. So bestand der Ursprungsbau der Basilika aus drei Schiffen und zwei Türmen. Die beiden Seitenschiffe und der südliche Turm waren jedoch für den späteren Abriss bestimmt. Auch der Fußboden verschob sich aufgrund des Hochwassers stets und machte die Kirche unbegehbar bis Verantwortliche die Portale verlegten. Das Kircheninnere zeigt wegen Restaurierungsmaßnahmen in den Jahren 1825/26 einen vornehmlich barocken Stil auf. Teile der Ausstattung, wie der Taufengel, befinden sich allerdings nicht in der Neumarktkirche, sondern im Kulturhistorischen Museum Schloss Merseburg. Eine Besonderheit der derzeitigen Ausstattung stellt die Knotensäule des Stufenportals dar, die aus romanischer Zeit erhalten geblieben und in Mitteldeutschland einmalig ist. Heute, ist der romanische Zustand der Kirche St. Thomae nach einer erneuten Sanierung zwischen 1991 und 1995 zu großen Teilen wiederhergestellt. Neben der Präsentation von Konzerten, stellt die Kirche auch moderne Kunst aus, wie beispielsweise das Mahnmal gegen Gewalt mit dem Titel „Rote Wand oder Triumph der Ideologie.“